Historia klubu sięga dnia 15.07.2000 roku. Inicjatorem pomysłu był Mieczysław Pelić, który wspólnie z Leszkiem Rzęsą oraz Mieto Grelą (ps. Gretzky), założyli polonijny klub piłkarski – FC Polska Wien.
W tym momencie FC Polska Wien skupia w swoich strukturach ponad 50 zawodników sekcji młodzieżowych i 25 seniorów. W sezonie 2014/2015 nastąpiła kolejna zmiana zarządu, na czele którego stanął Paweł Gąsiorowski, a trenerem seniorów ponownie został Wojciech Bogacz.
